Нужен «персональный токен доступа» каждого аккаунта (МойСклад → Настройки → Безопасность). Токены хранятся только в памяти на время работы и нигде не записываются.
Отметьте, что нужно перенести. Существующие записи не меняются и не дублируются.
Сравниваем аккаунты. Ничего не записывается — здесь видно, что будет создано и что уже есть.
Каждый шаг пишется в журнал и показывается здесь. Можно остановить — уже созданное останется.